绍兴市柯桥区疾病预防控制中心位于柯桥兴越路1356号，其前身为绍兴县卫生防疫站，始建于1954年10月，2002年4月根据机构改革要求，撤销县卫生防疫站，新组建成立绍兴县疾病预防控制中心，2013年11月因行政区划调整更名为绍兴市柯桥区疾病预防控制中心。

绍兴市柯桥区疾病预防控制中心是政府实施疾病预防控制和公共卫生技术管理与服务职能的公益一类事业单位，主要承担疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、卫生检测分析与评价、疾病防控技术指导与应用研究、健康教育与促进等职能，是全区疾病预防控制工作的业务技术指导中心、检验检测中心、科研培训中心和信息管理中心。此外，因工作需要，柯桥区社区居民健康管理指导中心，柯桥区公共卫生工作委员会艾滋病综合防治办公室、精神卫生办公室、结核病防治办公室，柯桥区基本公共卫生服务项目办公室均设在本中心内，由相关业务科室组织开展工作。

2019中心内设职能科室和业务科室共12个，核定人员编制74名，2019年初在编人员67名，各类专业技术人员65名，其中高级职称14人，中级职称23人，研究生及以上学历4人，本科及以上学历47人。

中心多年来注重“发现能力”和“处置能力”等核心能力的建设，现具有“检验检测机构”、“食品检验机构”、“职业健康检查机构”等资质。中心建有微生物二级生物安全实验室、洁净实验室、省级血吸虫病粪检实验室、艾滋病筛查中心实验室、PCR实验室等专业实验室。装备有气相色谱仪、液相色谱仪、离子色谱仪、石墨炉原子吸收仪、荧光定量PCR仪、自动核酸提取仪和全自动细菌鉴定仪等先进仪器，已有389个项目（参数）通过资质认定。中心指导组建并管理着覆盖全区的卫生应急和慢性病防控网络，是柯桥区“省级卫生应急工作示范区”、“省级慢性病综合防控示范区”的主要组织实施者。

中心积极倡导“和谐、务实、创新、奉献”的单位精神，坚持“预防为主、防控结合”的工作方针，紧密围绕“防疾病，保平安，护发展”的工作中心，立足于公共卫生职能、强化重点疾病防控，通过在工作中不断探索、创新、总结、提高，中心的散发疫情管理，精神病防治康复，艾滋病、结核病防治等工作均形成了特色和亮点，在全省和全国推广。中心参与实施的国家科技重大专项——重大传染病综合防治项目因工作出色，相继于“十一五”和“十二五”被授予全省项目先进示范区。中心曾获得全国疾病预防控制工作先进集体、浙江省公共卫生应急工作先进集体、浙江省疾病预防控制系统思想政治工作先进集体、浙江省无烟单位、绍兴市抗击非典型肺炎先进集体、五星级基层党组织、市级文明单位、区级先进单位、区级先进基层党组织、国家二级档案管理单位、园林式单位等荣誉称号。